广州医科大学附属第壹医院横琴医院（下称“广医一院横琴医院”）是国家区域医疗中心项目的依托医院，为横琴粤澳深度合作区（下称“合作区”）执行委员会全额投资建设的公立医院，位于合作区中部地区，于2020年9月23日奠基，预计2025年底建成，建成后委托国家区域医疗中心输出医院——广州医科大学附属第壹医院（下称“广医一院”）运营管理，将建设成为集医疗、保健、科研、教学于一体、符合国家三级甲等医院标准，与国际接轨的综合性公立医院。项目建设期间设置过渡院区，过渡院区位于合作区宝兴路118号，于2024年1月1日正式交由广医一院托管运营，并正式更名为“广州医科大学附属第壹医院横琴医院（横琴粤澳深度合作区中心医院）”。广医一院横琴医院将在合作区执行委员会的大力支持和指导下，依托国家呼吸医学中心，以“****琴澳，服务湾区、辐射国际”为目标，坚持立足横琴、辐射澳门、珠海及周边地区，全力推动国家区域医疗中心建设。
2020年9月23日，广州医科大学附属第壹医院横琴医院（横琴新区中心医院）正式开工奠基。
2021年9月23日，广州医科大学附属第壹医院横琴医院（横琴新区中心医院）暨横琴至和国际生命科学中心开工奠基。
2024年5月9日，广医一院横琴医院国际医疗部正式启用，横琴医院“肺健康计划”项目同步启动。 9月12日，广州医科大学附属第壹医院横琴医院新院区正式封顶。新院区预计于2026年建成投用。
2023年7月，国家发展改革委办公厅、国家卫生健康委办公厅、国家中医药局综合司联合印发《第五批国家区域医疗中心项目名单》，广州医科大学附属第壹医院横琴医院入选第五批国家区域医疗中心项目名单。
