南京大学医院成立于1978年，1996年被评为一级甲等医院。1998年11月被南京市卫生局批准为第一批对社会开放的职工医院。2003年建立了南京大学医院浦口分院，2004年9月获批建立了南京大学社区卫生服务中心。2009年建立了仙林校区医院。
医院建筑面积8600m2，（其中仙林分院3800m2，体检中心600 m2），设置病床35张（其中仙林分院18张）。配置有GE64排CT、飞利浦DR1台、GE DR2台、移动DR1台、口腔CBCT、全景牙片摄像仪、日本奥林巴斯电子胃镜2台、日本日立全自动生化分析仪2台、贝克曼库尔特全自动血球计数仪4台、西门子化学发光分析仪1台、朗迈全自动尿沉渣分析仪2台、高级数字多普勒彩超仪6台、24小时动态心电、动态血压监测仪、心肺复苏机、动脉硬化检测仪、糖尿病足检查仪、快速床边血液分析系统、免散瞳眼底相机、非接触眼压仪、数字牙片诊断仪及口腔内窥镜、耳鼻喉综合治疗台及内窥镜系统、低周波及电脑中频仪、电动智能牵引床、脉冲式短波治疗仪、冲击波治疗仪、威伐光治疗仪等先进的医疗仪器设备。
医院设有内科、外科（皮肤科）、五官科（眼耳鼻喉科）、口腔科、妇科、中医科、理疗科、推拿科等临床科室。现有在编职工63人，合同制聘用各类工作人员52人，具有大专以上学历101人，其中卫技人员96人。具有正高职称1人，副高职称19人，并有5人具有高等学校教师资格，32位医护人员获得全科医生和社区护士资格。
医院24小时提供院前急救。长年聘请三甲医院知名专家开展心脏科、神经内科、呼吸科、感染科专家门诊。开展门诊医疗、住院、健康体检、健康教育、免疫接种等多项服务。
医院主要承担本校师生员工的基本医疗服务，诊治常见病、多发病和部分疑难危重症；承担学校的传染病预防和管理、公共卫生突发事件的应急处置、各类人员的健康体检、慢性非传染性疾病的预防干预等工作；承担南京大学《全科医学》《大学生健康教育》的教学任务等大学生健康促进工作；开展形式多样的疾病预防、健康保健、健康教育活动。
医院制定有一整套较完善的规章制度和工作规程，内部行政及医疗等各项管理工作规范有序，在上级卫生行政主管部门组织的历次检查评比中均取得优异的成绩，赢得荣誉。被教育部、国家体育总局评为“全国高校体育卫生先进单位”；被省委、省政府、区政府授予“防治非典工作先进集体”；被省教育厅评为“江苏省高等学校后勤系统先进集体”、“《学校卫生工作条例》评估检查优秀单位”；被江苏省妇女联合会授予“巾帼文明岗”称号；被南京市社区卫生工作领导小组评为“南京市社区卫生工作先进集体”；多次被市卫生局评为“南京市健康教育工作先进单位”、“健康教育工作第一名”、“红十字工作先进单位”等。多次获得全国高等教育学会、高校卫生健康研究会的奖项。
医院全体职工遵循“敦仁厚德、博学创新、以人为本、呵护健康”的院训，为师生员工提供连续的、方便的、优质的基本医疗服务。