南方医科大学口腔医院，即原来的广东省口腔医院，始建于1962年，是广东省最早建立的口腔医院，也是我国最早建立的五大临床口腔医院之一。2017年1月1日起按照广东省政府要求成建制划转南方医科大学管理，名为南方医科大学口腔医院（广东省口腔医院、广东省牙病防治指导中心、广东省口腔医学研究院）。南方医科大学口腔医院（广东省口腔医院）是华南地区建院历史悠久、总体规模领先、技术力量雄厚，集医疗、教学、科研、预防为一体的区域性最具规模的大型口腔医院。
医院规模逐步扩大，现有六个院区，分别为总院区（院本部）、番禺院区、海珠广场院区、盘福院区、顺德分院、从化分院；一个下属单位广东粤诚牙科技术开发中心。医院主办中国科技核心期刊《口腔疾病防治》。
医院内设33个业务科室、10个管理科室、8个医技科室。在职教职员工1165人，其中高级职称的专业技术人员167人，研究生导师33人，博士109人，硕士221人，留学归国人员21人。现有牙科综合治疗台459张，开放床位数93张。
医院作为专科口腔医疗机构，一直致力于服务质量和水平的提高，取得了显著成效。2019年11月荣登“全国医院互联网影响力排行榜”口腔科第九名，是华南地区唯一上榜的口腔医院。该榜单由中国社会科学院健康业发展研究中心等权威机构发布，共涉及29个专科，研究数据覆盖全国9852家公立医院，509.4亿次患者浏览轨迹，5700万名患者在线问诊记录，3.1亿次医患交流，429.8万条患者在医院就诊后的线上评价，是口腔医院服务质量和水平的综合体现。医院立足华南、影响力辐射港澳台地区及海外，2005年被评为“香港市民最信任的内地医疗机构”。
医院拥有国内一流的口腔种植中心，年接诊的种植患者数量近2万，数字化种植修复技术位居国内领先水平；牙周病科以全国第二名的成绩摘取“国家临床重点专科”，成为第一批国家临床重点专科；口腔正畸正颌治疗中心综合规模、技术力量处华南地区领先水平；医院开展隐形矫治、儿童口腔舒适化治疗、显微根管治疗、计算机设计与辅助的牙体修复、微创拔牙、特殊牙合型总义齿及数字化全口义齿等新诊疗技术项目；拥有先进的数字化义齿加工设备；医院在国内最早全面开展“牙科四手操作”服务，率先实现“一人一机一灭菌”。
2017年获批广东省口腔医学研究院，拥有实验室面积2500平方米。近三年获得省部级科技进步二等奖1项、授权专利4件，承担国家级科研项目12项，纵向课题资助总额达765.6万元。发表SCI数据库收录的论文75篇，总IF值172.551。教学方面：近三年举办国家级、省级继教项目30项，住院医师规范化培训及各级教学工作有序开展，共培养各级各类人才208人次。
医院作为广东省牙病防治指导中心，承担指导全省口腔疾病防治规划、实施、培训指导和管理总结等任务。2019年被中国牙防基金会评为“整合资源，健康口腔——多模式口腔疾病防治”最佳管理单位，并被确定为“健康口腔指导中心”。
医院牵头成立南方医科大学口腔医院（广东省口腔医院）专科联盟，是广东省首个口腔专科联盟，覆盖全省，不定期向基层单位派驻医疗骨干，开展远程会诊及专业培训等。从1995年开始连续成功举办了24届华南国际口腔技术研讨会，从2007年起连续成功举办13届粤港澳台口腔种植论坛，从2011年起承办了5期东盟国家口腔医疗技术培训班，此培训班为国家科技部发展中国家技术培训班项目之一。医院是国家级住院医师规范化培训基地、是广东省最先确立的国家医师资格考试实践技能考试与考官培训基地、是中华口腔医学会及北京大学医学网络教育学院口腔专业护士临床实践培训基地及广东省口腔专科护士培训基地。
属企业广东粤诚牙科技术开发中心，为国家高新技术企业，是一家大型国有义齿加工制作中心，在行业内通过了IS09001质量认证，承接国内外义齿制作和加工。
医院主办的口腔医学学术类杂志---《口腔疾病防治》，1993年创刊，原名《牙病防治杂志》，1995更名为《广东牙病防治》，2016年变更为现用名。为中国科技核心期刊，被美国Ulrichsweb、瑞典DOAJ、WHO西太平洋地区医学索引（WPRIM）、波兰《哥白尼索引》等多家国际重要数据库收录。