上海市口腔医院始建于1946年，时名上海牙病中心防治所，是上海最早的公立口腔医疗机构。自上世纪50年代起，受上海市卫生健康委员会委托，指导全市口腔病防控工作，拥有全国最完整的口腔公共卫生三级防治网络，是本市口腔科普总召集人单位。1998年更名为上海市口腔病防治院；2015年复旦大学与上海申康医院发展中心签约共建复旦大学附属口腔医院；2021年更名为上海市口腔医院，加挂上海市口腔健康中心牌子；2021年成立复旦大学口腔医学院，依托上海市口腔医院建设。现已成为医疗、教学、科研、预防全面发展，医防融合特色鲜明的口腔医院、口腔医学院、口腔医学研究及口腔健康管理机构。
医院设有北京东路院区、复兴中路院区、浦锦院区、永嘉路门诊部、天津路科研教学中心及建筑面积5万平方米的新院，拥有综合治疗椅580台，病床100张，年门急诊服务量80余万人次，为上海体量最大的口腔医疗中心，是上海市口腔质量控制中心分中心，牵头上海市口腔病防治联合体及复旦大学口腔医疗联合体。
医院是中国牙病防治基金会副理事长、中华口腔医学会常务理事、中国卫生信息与健康医疗大教据学会常务理事、上海市口腔医学会副理事长、上海市医师协会口腔医师分会副理事长及国际牙科研究学会（IADR）中国委员会委员单位。现有职工561人，柔性引进或双聘国家级领军人才5人，拥有国务院政府特殊津贴专家1人、国家临床重点专科负责人2人，上海医务工匠、上海市优秀学术带头人等省部级卓越人才13人；全国各专业委员会主任委员1人，副主任委员6名，上海市各专业委员会主任委员5名，副主任委员15人。
复旦大学口腔医学院依托上海市口腔医院建设，拥有口腔医学学士、硕士、博士专业学位授权点及博士后流动站，博士研究生导师21人，硕士研究生导师18人；是国家住院医师规范化培训基地和上海市专科医师培训基地，“5+3+X”口腔医学人才培养体系建成贯通。
医院建有国家临床重点专科、上海市重中之重研究中心、上海市颅颌面发育与疾病重点实验室、复旦大学口腔医学院口腔融合创新研究院，是“国家口腔疾病临床医学研究中心”北京大学、上海交通大学、四川大学分中心，国家医疗器械临床试验机构GCP中心，全国口腔医学创新平台发起单位之一。与哈佛大学、纽约大学、墨尔本大学、香港大学等知名院校深度合作，每年举办大型国际及全国性学术会议，参加国际口腔领域学术会议交流并做大会发言，2023年软科中国大学口腔医学专业排名B+。获中华医学科技进步二等奖、教育部科技进步二等奖、中华口腔医学会口腔医学创新成果奖、中国卫生信息与健康医疗大数据学会中国智慧健康医疗创新成果奖和优秀成果奖、上海市决策咨询研究成果三等奖及上海市预防医学会科学技术二等奖。
医院以全面加强党的建设为引领，争创全国文明单位，以上海市口腔医院新院和复旦大学口腔医学院建设为契机，以高水平创新推动高质量发展，为建设成为国内顶尖、国际知名的口腔医院和口腔医学院而努力奋斗。