杭州市第三人民医院创建于1950年，其前身是解放军某部疗养队和浙江省人民政府卫生科、省府门诊所合并而成的浙江省卫生厅直属保健院。1995年，医院提出'以皮肤科为龙头，建设有专科特色综合性医院'的崭新的办院思路，调整医疗结构，拓展皮肤科、肛肠科、眼科等科室的专科、专病特色，加强内、外科基础建设，扩建制剂室，引进大型先进的现代医疗设备，并通过建造和购买医疗用房的形式加快医院基础工程建设，使医院发展迈上了快车道。
医院坐落于杭州市区东大门，是一家具有专科特色的市属三级甲等医院，承担浙江中医药大学和安徽医科大学研究生的培养工作以及浙江中医药大学、杭州医学院、杭州师范大学等多家院校的临床实习见习带教工作。荣获“全国文明单位”、“全国精神文明建设工作先进单位”、“全国百姓放心示范医院”、“浙江省文明单位”、“浙江省健康促进医院”、“浙江省级绿色医院”、“杭州市创建文明行业工作先进单位”、首届“我心目中的杭州品牌”等荣誉称号。2003年9月，通过公开竞标，杭州市首家慈善医院——杭州市惠民医院在医院挂牌成立。
近年来，医院坚持“贯彻落实新时期我国卫生与健康工作方针，坚持以人民健康为中心，以救死扶伤、防病治病、提高人民健康水平和促进医学事业发展”的宗旨，不断提高医疗质量，创新医疗服务，倡导人文关怀，努力为病人提供全程、全方位的优质服务。医院目前有在职职工1500余人，开放床位800张，医院为浙江省皮肤病临床诊治技术指导中心、浙江省中西医结合皮肤病研究中心、浙江省中西医结合便秘诊治中心、浙江省中西医结合肛肠病诊疗中心、杭州市皮肤性病研究所。2017年被评为国家级住院医师规范化培训基地，建设有皮肤科、全科、内科、外科、神经内科、急诊科、麻醉科、超声科、放射科9个专业基地，拥有较为完整的教学体系，丰富的培训资源，累计培养住培医师169人。医院皮肤科为全国临床重点专科、浙江省医学重点学科，白癜风专病为国家中医药管理局重点专病；肛肠科为国家中医药管理局十二五重点专科、浙江省医学重点（扶植）学科、浙江省中医药管理局重点专科，疼痛科为浙江省2023年度省级临床重点专科建设项目，皮肤病与性病学成为杭州市医学高峰学科，肛肠外科学、脑科学成为杭州市医学重点学科，药剂学成为杭州市医学重点培育学科。2022年，组建了白癜风医学研究中心、毛发医学研究中心、感染性皮肤病研究中心、皮肤病药物研发中心、皮肤激光美容中心、皮肤外科（整形）中心、中西医结合皮肤病诊治中心、危重皮肤病诊治中心、儿童皮肤病诊治中心、妇产皮肤病诊治中心等皮肤科高峰学科十大中心。2024年，“先进药物递释系统全国重点实验室杭州分中心”
“现代中药创制全国重点实验室杭州市分中心”两个“国”字号实验室分中心先后落户我院，进一步助力学科发展迈向高水平层次。
医院皮肤科门诊量连续10余年位列全国前三，2023年门诊量达150余万。科室目前开设五个病区，设有床位177张，有医护人员244人（含药学1人、医技3人、研究人员11人），其中博士21人，硕士102人。目前科室开展白癜风、性病、美容激光、银屑病、甲真菌病、皮肤整形、毛发病、黄褐斑等多个特色专科专病门诊;开展皮肤CT、皮肤镜、伍德氏灯等多种检查手段；有细胞培养、免疫、分子生物、皮肤病理、真菌和性病等六个实验室。2017年医院牵头省内21家医疗单位在杭州市级医院中率先成立省级专科联盟——浙江省皮肤病专科联盟，2023年联盟单位扩充到40家，将杭州市三医院皮肤科学科技术资源下沉和共享到浙江省10个地市。
70余年的历史发展培育了三院独有的“团结、求实、创新、奉献”精神和与时俱进、开拓创新的作风。70余年的历史发展集中体现了奋发图强、自强不息的执着追求；是勇为人先、敢于创新的搏击精神；是以人为本、人文关怀的博爱心怀；是团结求实、同舟共济的文化魅力。