厦门市第三医院是一所集医疗、科研、教学、预防、保健为一体的大型综合性三级乙等医院，--爱婴医院、福建省道路交通事故伤员救治定点医院、国际紧急救援网络医院、福建医科大学、福建中医学院等临床教学医院。
医院设有12个党政后勤管理机构：行政办公室、党群工作部（按章程另设工会、共青团、妇委会）、纪检监察室（下设信访办、审计办）、人力资源部、医务部（下设信息处理办公室）、护理部、科教部、质控科（下设医保办、病案室）、设备科、财务科、保卫科、后勤保障部（下设基建办、车队）；38个业务科室：医院感染与预防保健科、药学部、门诊部（含导诊服务室）、急诊医学部（急诊急救病区、ICU重症监护病区）、消化内科（含内镜室）、呼吸一科、呼吸二科、心血管内科、干部病房、神经内科（含神经电生理诊断室、经颅多普勒超声室）、内分泌科、肾病学与免疫学科（含血液透析治疗室）、普通外科、神经外科、胸心外科、骨科、泌尿外科、妇产科、儿科、肿瘤科（含放射治疗室）、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、皮肤科、感染性疾病科、康复医学科、麻醉科、手术室、中医科、病理科、医学检验科、输血科、X线诊断与介入放射科、CT与磁共振影像科、超声影像科、心电图诊断与心电功能科、消毒供应室。
医院占地面积123亩，建筑面积9.3万平方米、编制床位550张，实际开放床位800张。现拥有一大批先进的医疗设备，如德国西门子1.5T超导核磁共振机、16排螺旋CT、西门子数字C臂血管造影机（DSA）、1000毫安数字胃肠机、数字DR拍片机、钴-60放疗机、全自动呼吸机、人工肝、血液净化机、高压氧舱、全自动麻醉机、美国全自动生化仪、超细电子胃镜、结肠镜、电子气管镜、三维彩超机、钼靶等。至2010年6月17日止，共有职工1270名，其中职称99人，中级职称222人，硕士41人。年门、急诊量60多万人次，年收住院病人3.2万人次。
崛起中的厦门市第三医院正以全新的面貌，本着“以人为本、兴院为民”、“一切以病人为中心”的治院理念和服务宗旨，贯彻“人才强院、质量建院、科技兴院”的方针，追求“技术、服务、管理、效益”的奋斗目标，不断创造更加辉煌的业绩，继续谱写新的更美的篇章。
