重庆市巴南区中医院地处重庆西南部历史名邑巴县，1981年正式成立，是国家二级甲等中医医院，爱婴医院，重庆市交通事故快速抢救定点医院，城乡居民合作医疗保险、城镇职工医疗保险、工伤保险、生育保险、商业保险定点医院，干部保健定点医院，重庆市中医药行业协会巴南办事处牵头单位，巴南区中医药联盟牵头单位，巴南区中医药学会理事长单位，重庆医科大学中医药学院、重庆医药高等专科学校、重庆市护士学校等教学实习医院，巴南区中医药适宜技术培训基地，巴南区中医医疗、教学、科研基地。
院本部龙洲湾院区占地面积30亩，建筑面积5.2万平方米。现有职工总人数716人，中高级职称252人，博士1人，硕士41人。重庆市名中医2人，巴南区名中医3人，重庆市区县医疗卫生学术技术带头人1人，重庆市区县医学头雁人才1人，巴南区“菁英计划”人才2人，巴南区学术技术带头人及后备人选2人，全国中医药传承人才2人，全国中医护理骨干1人。
医院开设急诊医学科、肺病科（呼吸与危重症医学科）、脾胃病科（消化内科）、心病科（心血管内科）、脑病科（神经内科）、肾病科（肾内科）、肿瘤科、普通外科、泌尿外科、创伤科、疮疡科、神经外科、胸外科、骨伤一科、骨伤二科、妇产科、儿科、皮肤病科、肛肠科、老年病科、针灸科、推拿科、康复医学科、口腔科、眼科、耳鼻咽喉科、内分泌科、风湿病科、感染科（发热门诊、肠道门诊）、重症医学科、麻醉科、治未病科、血液透析科、预防保健科（公共卫生科）、计划生育科等35个临床科室。开设药学部、医学影像科、功能检查科、医学检验科、手术室、输血科、营养科、病理科、内镜中心、消毒供应中心等10个医技科室。设住院病区14个，开放床位622张。
现有国家级中医特色专科2个：针灸科、骨伤科。市级中医特色专科2个：皮肤科、脑病科（在建）。市级中医重点专科4个：针灸科、儿科、皮肤科（在建）、肛肠科（在建）。区级重点专科1个：康复科；名中医工作室8个：国医大师段亚亭传承工作室、全国名中医王辉武传承工作室、全国基层名老中医药专家温木生名中医传承工作室、中国中医科学院名医陈枫传承工作室、重庆医科大学教授蒲晓东工作室、重庆市名中医柯祖祥工作室、四川省骨科医院郑氏中医骨科流派传承工作室、巴南区中医院任富久老中医工作室。区级质量控制中心3个：针灸理疗、中药药事管理、中医护理质量控制中心。
医院配备1.5T磁共振、64排螺旋CT、医用血管造影X射线系统、光学相干断层扫描仪、四维彩色超声诊断系统、电子胃肠镜、电子动态频闪喉镜系统、全自动生化分析仪、全自动（电）化学发光分析仪等检查设备。配备Q开关Nd：YAG激光治疗机、强脉冲光治疗仪、体外冲击波治疗仪、低频脉冲治疗仪、四肢联动康复训练仪、悬吊康复训练器等中医诊疗设备。配备超乳玻切一体机、钬激光、关节镜、椎间孔镜、超高清腹腔镜系统等微创设备。
到2025年左右，巴南区中医院将建成中医药特色优势突出、中医药文化氛围浓厚、与巴南区社会经济发展相适应的高质量三级甲等中医医院。届时，医院覆盖巴南区全域及江津、大渡口、九龙坡、南川等区县以及贵州北部、四川东部等地区人口，为更多的群众提供全周期的中医药医疗、预防、养生与保健服务。