北京中医药大学深圳医院始建于2012年，占地面积7.8万㎡（在建9.7万㎡），2016年10月挂牌成为北京中医药大学深圳医院（北京中医药大学第五临床医学院）。2018年成功创建成为三级甲等中医医院，2023年高分通过三级甲等中医医院复审。
近年来，医院保持良好发展势头，各项事业取得重大突破。在全国率先提出“三共享、两获得、一满意”基层中医药改革目标，形成“龙岗经验”，荣登2021年全国中医药创新发展成绩单榜首；建成深圳市内******中医药博物馆，积极开展中医文化科普宣传，荣获“中华中医药学会科普基地”“广东省中医药文化宣传教育基地”等称号；搭建“海峡两岸暨港澳地区中医药国际交流中心”和“珠三角中医药创新联盟”两大平台，促进粤港澳大湾区中医药交流；建设全国******5G智慧中医健康管理平台，通过国家互联互通五乙测评，智慧医疗建设跻身深圳市******水平；荣获龙岗区委授牌龙岗区卫健系统******党员教育示范基地、中医药专业化“五老工作室”；牵头成立深圳市治未病中医研究院、龙岗区中医药学会；获批广东省胸痛中心、深圳市卒中中心；成为广东省首批10家中医经典病房试点单位之一；创建ISO15189医学实验室；7个专业组均顺利通过药物临床试验机构及医疗器械临床试验机构现场检查；成为北京中医药大学研究生独立招生单位、基层“西学中”能力建设工程带教基地、广东省中医住院医师规范化培训基地协同单位、广州中医药大学研究生联合培养基地、广东省及深圳市中医专科护士培训基地、深圳市博士后创新实践基地、深圳市中医治未病医疗质量控制中心的挂靠单位等；牵头制定的全国首部治未病服务地方标准---《深圳市医疗机构中医治未病工作规范》正式发布；在近年全国三级公立中医医院绩效考核中稳居全国百强中医院，连续4年评级为A，名次逐年提升。
医院现有两个院区，分别是院本部和园山院区。院本部设有临床科室35个、医技科室9个、门诊部3所、社康中心8家、社康站4家，开放床位723张；园山院区设有临床科室20余个、医技科室4个，开放床位30张，与院本部同质化管理。拥有*********中医优势专科建设项目1个（肝病科）、省级重点专科4个（妇科、针灸科、肝病科、治未病科）、市级中医临床重点专科1个（治未病科）、市级中医特色专科4个（肝病科、妇科、针灸科、肾病科）、市中医重点专科培育项目1个（中医护理）。
医院牵头组建了龙岗区中医医疗集团，集团内有5家医院、60余家社康中心；牵头成立了龙岗区中医学科联盟，联合全区12家公立医院中医科、8家民营医院、167家社康中心、6家民营中医门诊部（中医馆）等，努力夯实基层中医药服务网络。
医院作为临床医学院，设立了内、外、妇、儿等教研室7个，年接收北京中医药大学临床实习生40余名，其他实习、进修人员200余名；作为北京中医药大学研究生独立招生单位，招收全日制博士、硕士60名；作为广东省中医住院医师规范化培训基地协同单位，接收中医住培学员55名。
截止2023年底，医院共有职工1544人，其中，卫生专业技术人员1306人，高级职称189人，博士60人，硕士322人，博士生导师3名，硕士生导师20名，*********专委会主委1名，省级专委会主委6名，市级专委会主委12名，引进了两名院士和三名国医大师等17个高水平医学团队。2023年医院门急诊服务人次176万，年出院人次2.8万。