南方医科大学深圳医院于2015年12月正式开业，是一所由深圳市政府和南方医科大学合作共建的市属三级甲等医院，深圳市医疗卫生“三名工程”首个落地“名院”项目，前海自贸区内唯一一家能够同时承担医教研任务的大学直属附属医院，已成为深圳西部区域医疗中心。
医院展开床位1101张，年接诊量破160万，专业技术人员中，中高级职称占66.93％，拥有研究生导师48名，其中博士生导师17名，博士后合作导师9名，26位专家教授在国家、省二级以上专业学会担任副主委以上职务，170余人被认定为省市区各级人才，获深圳市“引才伯乐奖”。消化内科为广东省临床重点专科、市重点专科，脑卒中病为市重点专病，骨科、整形外科、护理学为市重点培育学科，多个学科多次获复旦版中国医院专科声誉排行榜华南区提名。拥有3个重点实验室（深圳市病毒肿瘤学重点实验室、数字外科3D打印重点实验室、深圳市胃肠道微生态与疾病重点实验室）；2个工程研究中心（深圳市肠菌移植工程研究中心、深圳市医用3D打印材料转化应用工程研究中心）；2022年获批深圳市消化系统疾病临床医学研究中心。
医院瞄准国际一流标准，实施高质量快速发展战略，大力培育高精尖特色技术，通过国家级卒中中心、胸痛中心、血栓防治中心、危险性上消化道出血快速救治中心认证，2020年深圳市公立医院绩效考核排名第4名。
医院秉承“厚德精医自强不息”的院训，以“生命至上、医术至精、服务至诚”为办院理念，以“全心全意为人民健康服务”为服务宗旨，致力于打造湾区有口碑、国内有地位、国际有影响的研究型医院。