深圳市中医院始建于1975年，医院占地面积约4万平方米，医疗用房面积8.5万平方米，设住院部和三个门诊部。下属机构有深圳市中医药研究所、深圳市国际中医药人才培训中心。医院于1995年成为三级甲等中医医院；1998年成为广州中医药大学非直属附属医院；2012年成为广州中医药大学深圳临床医学院。2014年深圳市中医院光明院区正式获批立项，床位规模2000张，光明院区将建设成为国际化、大型现代化综合性中医院和区域性中医医疗中心。
医院现有职工1600余人，卫生技术人员中，有正职称近200人，副职称210余人；有享受国务院政府特殊津贴专家4人，市政府特殊津贴专家4人，国家师带徒专家4人，广东省名中医11人，广东省中医临床人才4人，深圳市名中医17人，中医10名。担任学术团体主任委员1人、副主任委员10人，省级学术团体主任委员4人。医院医疗设备总值超过3亿元，大型设备有MRI、螺旋CT机、MS人工肝支持系统等。目前医院年门诊量270万余人次，开放床位近1000张，年出院病人近3万人次，已成为集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的大型综合性三级甲等中医医院。
医院重视中医内涵建设，已形成国家、省、市重点专科梯队，现有卫计委国家临床重点专科2个（肝病科、肾病科）；国家中医药重点学科2个（中医肝胆病学、中医肾病学）；国家中医重点专科3个（肝病科、肾病科、针灸科），国家中医重点专科建设单位3个（脾胃专科、内分泌专科、神志专科）；省中医名科4个；省中医重点专科9个；省中医重点专科建设项目3个；深圳市优势医学重点学科1个，深圳市医学重点学科2个；市中医特色专科专病17个。
医院坚持“科教兴院”战略，拥有国家中医药管理局中医药科研三级实验室——临床细胞分子生物学实验室、国家药物临床实验基地（获认定7个专业）、深圳市民生重点实验室——针灸现代应用研究实验室。在研课题130余项，医院牵头承担“十一五”“十二五”科技重大专项各1项，分中心课题5项；国家自然科学基金科研课题15项、国家人事部留学人员回国资助课题2项；广东省自然科学基金科研课题14项，国家中医药管理局科研课题20项，广东省科技计划项目10项，获得国家省市科技进步奖20余项。
医院先后成为广州中医药大学博士后科研流动站研究基地，广东省和深圳市“博士后创新实践基地”、“广东省联合培养研究生示范基地”、国家“博士后科研工作站”，现有11位博士生导师、52位硕士生导师，有36个临床教研室，已形成博士、硕士、本科多层次的教学体系。在对外交流方面，医院先后与美国ThomasJefferson大学、德国MedicalPark康复医院建立协作关系，与香港中文大学中医学院、香港浸会大学中医学院、香港执业中医师学会、香港中医学会会立中医学院、香港国际针灸学院等建立了固定的教学协作及学术交流关系；医院有20多个专业学术团体医院成立。
医院非常重视加强中医药文化建设，开展中医“固本强基”工程，培养铁杆中医，树立＂心中有爱，服务有情＂的服务理念和＂大医精诚，悬壶济世＂的医德观，形成和谐的工作氛围，医院先后被授予“中医院”、“广东省示范中医院”、“广东省百家文明医院”、“广东省文明中医院”、“广东中医药强省项目中医名院”、“全国中医医院中医药文化建设示范单位”及“全国卫生文化先进单位”、“全国中医药系统创先争优先进集体”、“广东省五一劳动奖状”、“广东省先进集体”等称号。多次在广东省组织的医院满意度和医德医风测评中名列前茅，被媒体誉为“医德医风好，医疗质量高，医疗费用相对低廉，是市民信得过医院”。
