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医院有职能部门6个，总院有临床医技科室26个，分院有临床医技科室12个。目前实际开放床位568张，设内科、外科、妇产科、儿科、麻醉、感染、康复（高压氧）、眼耳鼻喉、口腔、重症监护、肿瘤、特需、精神、急诊、肾内、皮肤等临床科室，设有放射、功能、检验、药剂、病理等医技科室，设有洁净手术中心、血透中心、高压氧舱中心、碎石中心、DSA中心、体检中心、肿瘤科热疗中心等。普外科、ICU、麻醉科、心血管内科、放射科、神经内科为南京市二级医院重点专科，同时医院在创伤急救、骨科、精神科、肿瘤等专科特色治疗在南京市具有一定影响。医院先后投入资金配备先进的医疗设备和仪器，现拥有万元以上医疗设备300余台（套），百万元以上医疗设备9台。如：1.5T磁共振、64排CT、高压氧舱、数字减影血管造影仪（DSA）、血液透析仪、复式脉冲碎石机、全自动血气分析仪、全自动生化分析仪、化学发光仪、全自动麻醉机、内镜治疗仪、彩超、心脏负荷运动平板测试仪、全自动呼吸机、腹腔镜、纤维胃镜、肠镜、手术显微镜等。医院年门急诊病人近45万人次，出院病人1.2万余人次。医院特色项目：心内科临床能够开展安装心脏起搏器、急性心肌梗塞溶栓术，使用DSA进行冠状动脉造影及支架植入等新技术；消化专科开展内镜下胃肠息肉取出术；血液净化中心开展救治重症药物、毒物中毒病员及急慢性肾功能衰竭病人；肿瘤科热疗中心的治疗使用和肿瘤分子靶向治疗，与放射科联合开展了肿瘤介入治疗和内腔支架安置术；骨科开展断肢断指再植与脊柱外科手术、四肢肿瘤和关节假体置换术；胸外科可开展肺叶全切、心脏破裂缝合术及胸腔镜辅助下肺大疱切除、血气胸探查修补术等；普外科开展了肝癌、门静脉高压症及胆胰肿瘤手术，运用腹腔镜治疗胆石症等微创术；泌尿外科开展前列腺、睾丸肿瘤切除术、体外碎石术；眼科使用超乳加人工晶体植入治疗老年白内障；脑外科在颅脑创伤清创及修补术方面等也积累丰富经验，妇产科开展全子宫切除加盆腔淋巴活检术、宫颈TCT检查、腹腔镜下子宫内膜异位囊中剥除术等。